En el marco del Decreto Ley 272 de 2000, los artículos del 18 al 29 describen los objetivos y funciones de las distintas dependencias de la Auditoría General de la República; estos son:
Despacho del Auditor General de la República
Dirigir el funcionamiento de la Auditoría General de la República y formular las políticas, planes y estrategias necesarias para el eficiente y efectivo ejercicio de las funciones que le otorga la Constitución y la ley.
Despacho del Auditor Auxiliar
Asistir al Auditor General de la República en la coordinación, seguimiento, orientación, evaluación y control del manejo y desarrollo de los aspectos técnicos que en ejercicio de sus funciones ejecute la Auditoría, y participar en la formulación de los planes, programas y proyectos de la entidad.
Oficina Jurídica
Prestar la asesoría jurídica requerida por el Auditor General de la República y demás dependencias del organismo, velando por que se actúe de acuerdo con el ordenamiento jurídico vigente y coadyuvando en la consolidación de la unidad de criterio que debe acompañar la labor de las dependencias de la Auditoría, así como participar en la formulación y adopción de los planes, programas y proyectos de la entidad.
Oficina de Planeación
Asesorar al Auditor General de la República en la elaboración de planes y programas y la formulación de proyectos, encaminados al logro de la misión institucional y proyectar el desarrollo organizacional acorde con dichos planes, así como participar en la formulación y adopción de los planes, programas y proyectos de la entidad.
Oficina de Control Interno
Coadyuvar en la implementación del Sistema de Control Interno del organismo y asesorar al Auditor General de la República en la evaluación permanente de la gestión de la entidad, con el objeto de alcanzar las metas propuestas, dentro de un enfoque de mejoramiento continuo, y participar en la formulación de los planes, programas y proyectos de la entidad.
Oficina de Estudios Especiales y Apoyo Técnico
Asesorar al Auditor General de la República en la ejecución de estudios técnicos sobre temas y asuntos especializados que requiera la entidad para el cumplimiento de su misión, así como participar en la formulación de los planes, programas y proyectos de este organismo.
Despacho del Auditor Delegado para la vigilancia de la Gestión Fiscal
Dirigir, coordinar y controlar la ejecución de las actividades necesarias para el desarrollo de la vigilancia de la gestión fiscal, de conformidad con las directrices establecidas por el Auditor General de la República y participar en la formulación de los planes, programas y proyectos de la entidad.
Dirección de Control Fiscal
Dirigir, coordinar y controlar la formulación, diseño e implantación de modelos uniformes para el ejercicio de la auditoría integral de las entidades vigiladas, y desarrollar las actividades de vigilancia de la gestión fiscal de su competencia, así como participar en la formulación de los planes, programas y proyectos de la entidad.
Dirección de Responsabilidad Fiscal y Jurisdicción Coactiva
Dirigir, desarrollar y controlar el conjunto de actuaciones tendientes a establecer la responsabilidad fiscal de los funcionarios y ex funcionarios de los órganos de control sujetos a la vigilancia de la Auditoría General de la República; adelantar el proceso de jurisdicción coactiva y efectuar el cobroque corresponda, de acuerdo con la Constitución, las leyes y las directrices impartidas por el Auditor General, así como participar en la formulación de los planes, programas y proyectos de la entidad.
Secretaría General
Dirigir y organizar las actividades requeridas para la administración del talento humano y los recursos físicos, financieros y económicos de la Auditoría General de la República, procurando niveles adecuados en términos de eficiencia y eficacia en la administración de los recursos, y participar en la formulación y adopción de los planes, programas y proyectos de la entidad.
Dirección de Recursos Financieros
Dirigir, coordinar, controlar la ejecución de todas las actividades relacionadas con la administración de los recursos financieros y económicos de la Auditoría General de la República, y participar en la formulación de los planes, programas y proyectos de la entidad.
Dirección de Talento Humano
Dirigir, coordinar, controlar la ejecución de todas las actividades relacionadas con la administración, desarrollo y bienestar de talento humano de la Auditoría General de la República, y participar en la formulación de los planes, programas y proyectos de la entidad.
Dirección de Recursos Físicos
Dirigir, coordinar, controlar la ejecución de todas las actividades relacionadas con la administración de los recursos físicos de la Auditoría General de la República, y participar en la formulación de los planes, programas y proyectos de la entidad.
Gerencias Seccionales
Dirigir y orientar en el nivel seccional la aplicación de las políticas, métodos y estrategias adoptadas por el Auditor General de la República para el ejercicio de la gestión fiscal y participar activamente en su formulación, así como dirigir y coordinar el trabajo técnico y administrativo de los funcionarios o grupos a su cargo, para el eficiente y eficaz desarrollo de las funciones de vigilancia de la gestión fiscal encomendada y participar en la formulación de los planes, programas y proyectos de la entidad.